Samurai Deeper Kyo was serialized from to in Kodansha's Weekly Shōnen Magazine, and collected over 38 volumes. Kyo is joined in his search by the bounty-hunter Shiina Yuya, the heir to the Tokugawa shogunate Benitora and Sanada Yukimura, a known rival of the Tokugawa.

Set during the Edo period of Japan's history, Samurai Deeper Kyo follows Demon Eyes Kyo ( 鬼目の狂, Oni Me no Kyō), a feared samurai seeking to regain his body after his soul is sealed inside the body of his rival, Mibu Kyoshiro. Questa strada porta Kyo, Yuya e una serie di altri compagni, a scontrarsi dapprima con lo shogunato Tokugawa e successivamente con la tribù dei Mibu, una razza di superumani violenti che hanno manovrato il Giappone nell'ombra per millenni. L'unico desiderio dichiarato di Kyo è quello di ritrovare il proprio corpo. Nel corso della storia i personaggi di Kyoshiro Mibu ed, in misura minore, di Yuya Shiina recedono dalla storia, mentre Kyo dagli Occhi di Demone viene in primo piano. La trama inizia seguendo Yuya Shiina, una cacciattrice di taglie alla ricerca dell'assassino di suo fratello Nozomu, che incontra un venditore ambulante di medicinali di nome Kyoshiro Mibu.

Durante la sua ricerca, Kyo incontra Shiina Yuya, l'erede dello shogunato Benitora di Tokugawa, e Sanada Yukimura, un rivale conosciuto del Tokugawa.

Situato nel Giappone dei Tokugawa, Samurai Deeper Kyo segue la storia di Demon Eyes Kyo, 'Kyo dagli occhi di demone', il quale vuole riconquistare il suo corpo dopo che la sua anima fu sigillata all'interno del corpo del suo nemico, Mibu Kyoshiro.

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